حدد قانون الزكاة السودانى ان مجلس الوزراء هو الجهة التى تجيز الهيكل التنظيمى
للديوان وفق ما يتطلبه العمل .
:: مستويات السلطة التنظيمية مستويات السلطة التنظيمية التى نص عليها القانون :
1/ المستوى الاول هو الوزير .
2/ المستوى الثانى المجلس الاعلى لامناء الزكاة .
3/ المستوى الثالث فى الهيكل التنظيمى هو الامين العام .
4/ المستوى الرابع فى الهيكل التنظيمى (مجالس امناء الزكاة بالولايات ) .
5/ المستوى الخامس فى الهيكل التنظيمى :امناء الزكاة بالولايات .
:: الإدارات الفنية الهيكل التنظيمى الذى تم تحديده باللوائح : وعلى قمة هذا الهيكل الأمين
العام الذي تحدثنا عن اختصاصاته سابقا تعاونه الإدارات الفنية الآتية :
.العلاقات العامة والإعلام .
. الإحصاء والمعلومات .
. تنسيق شئون الولايات .
. الإدارة القانونية .
وتعتبر هذه الوحدات إدارات مساعدة تابعة للأمين العام مباشرة .
:: الادارات الرئيسية أما الادارات الرئيسية في الهيكل التنظيمي للديوان فهي على النحو الآتي
:
أولاً : الإدارة العامة لتخطيط المصارف : ويرأس هذه الإدارة نائب الأمين العام للمصارف بالدرجة الثانية . وتتكون
من إدارتين واحدة للمصارف المركزية والأخرى للمصارف الولائية وعلى راس كل واحدة
مدير بالدرجة الرابعة.
ثانياً : الإدارة العامة لتخطيط الجباية : ويرأس هذه الإدارة نائب أمين عام بالدرجة الثانية وتتكون من إدارتين هما
: التقدير و الجباية ويرأس كل واحدة مدير بالدرجة الرابعة
ثالثاً : الأداة العامة للشئون الإدارية والمالية : وتتكون من إدارتين فرعيتين ( شئون مالية ) و( شئون إدارية ) وتقسم
الشئون المالية الى ثلاثة أقسام هي الحسابات – الميزانية – الإمداد - . كما تقسم
الشئون الإدارية الى قسمين أحدهما لشئون العاملين والثاني للخدمات والحركة .
ويرأس هذه الإدارة نائب للامين العام بالدرجة الثانية ويرأس الإدارتين مديرين كل
منهما بالدرجة الرابعة ويرأس الأقسام موظفون بالدرجة الخامسة
رابعاً : الإدارة العامة لخطاب الزكاة : وتختص هذه الإدارة بتوصيل خطاب الزكاة من اجل نشر الوعي بهذه الشعيرة و
إعداد ونشر الوثائق والمطبوعات التي تعين على ذلك . والعمل مع ائمة المساجد والدعاة
ورؤساء لجان جباية الزكاة من اجل نشر وتعميق الفقه الزكوى بين المسلمين يرأس هذه
الإدارة مدير بالدرجة الثالثة .